НДС сам по себе, а НДФЛ сам по себе.
НДС - это косвенный налог, налоговые обязательства по которому определяются в соответствии с Главой 21 НК.
НДФЛ совсем другой налог, который исчисляется в соответствии с Главой 23 НК.
В статье 221 НК написано:
Цитата:При исчислении налоговой базы в соответствии с пунктом 3 статьи 210 настоящего Кодекса право на получение профессиональных налоговых вычетов имеют следующие категории налогоплательщиков:1) налогоплательщики, указанные в пункте 1 статьи 227 настоящего Кодекса, - в сумме фактически произведенных ими и документально подтвержденных расходов, непосредственно связанных с извлечением доходов, но не более суммы таких доходов от осуществления предпринимательской деятельности.При этомсостав указанных расходов, принимаемых к вычету, определяется налогоплательщиком самостоятельно в порядке, аналогичном порядку определения расходов для целей налогообложения, установленному главой "Налог на прибыль организаций".
Нигде не написано, что право на возмещение НДС перечеркивает право на применение профессиональных вычетов ИП.
При расчете НДФЛ расходы учитываются.